林木種質資源是国家的重要战略资源，是遗传多样性和物种多样性的基础，关系到国家的生态安全和经济社会的可持续发展，同时也是国家科技体系建设及科技创新的一项重要保障。多年来，我院始终高度重视林木種質資源收集保存工作，不断加强国家林木種質資源库的建设与管理，科学制定保护利用规划，重点加强重要乡土树种、珍贵树种、经济树种、沙生植物、名特花卉的种质资源的收集、保护、研究和利用，为建设我国林木種質資源保护和评价利用作出了巨大贡献。目前，我院共有10个国家林木種質資源库，分别是中国林科院熱帶林業實驗中心热带与南亚热带珍贵树种国家林木種質資源库，中国林科院亚熱帶林業實驗中心亚热带林木国家林木種質資源库，中国林科院沙漠林業實驗中心沙棘国家林木種質資源库，中国林科院華北林業實驗中心华北地区代表性植物国家林木種質資源库，中国林科院亚热带林業研究所山茶、木兰国家林木種質資源库，中国林科院热带林業研究所试验站热带珍贵树种国家林木種質資源库，国家林草局泡桐中心北方主要名优经济树种国家林木種質資源库，中国林科院林業研究所绿化树种国家林木種質資源库，中国林科院林業研究所滨海抗逆树种国家林木種質資源库，中国林科院林業研究所古巴加勒比松国家林木種質資源库。

林木良种基地建设是提高林木遗传增益的基础性工作，是提高林木种苗质量的重要保证，是林木種質資源收集、保存和利用重要载体，是为生态建设提供优良种苗的重要保障。我院高度重视國家重點林木良種基地的建设与管理，不断提高基地的经营管理水平和良种产量，为推进我国林木良种化进程作出了重要贡献。目前，我院共有3个國家重點林木良種基地，分别是中國林科院亞熱帶林業實驗中心國家重點油茶良種基地，中国林业科學研究院凭祥国家西南桦、柚木良种基地，中国林业科學研究院湛江国家桉树良种基地。